COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 4.575367 3.188326 3.768610
2020-10-06 17:00:00 4.282309 4.282309 3.722020
2020-10-05 17:00:00 6.174934 3.614873 3.637691
2020-10-04 17:00:00 4.342553 4.342553 3.589977
2020-10-03 17:00:00 4.084329 4.084329 3.527786
2020-10-02 17:00:00 3.483947 3.483947 3.461866
2020-10-01 17:00:00 3.756284 3.756284 3.385116

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 3.940568 3.940568 3.630275
2020-10-06 17:00:00 4.824121 4.824121 3.539351
2020-10-05 17:00:00 4.087193 4.087193 3.321199
2020-10-04 17:00:00 2.988691 2.988691 3.254009
2020-10-03 17:00:00 3.753351 3.753351 3.125353
2020-10-02 17:00:00 3.648548 3.648548 3.113641
2020-10-01 17:00:00 2.427184 2.427184 2.990295

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 1.973684 1.973684 1.769425
2020-10-06 17:00:00 0.390625 0.390625 1.754470
2020-10-05 17:00:00 10.000000 1.541850 1.760425
2020-10-04 17:00:00 3.517588 1.585504 1.819352
2020-10-03 17:00:00 3.428971 1.809691 1.904006
2020-10-02 17:00:00 1.714898 1.714898 1.929096
2020-10-01 17:00:00 3.514377 3.514377 1.934884

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 0.799600 0.799600 1.067043
2020-10-06 17:00:00 1.222104 1.222104 1.035474
2020-10-05 17:00:00 1.691176 1.250680 0.989492
2020-10-04 17:00:00 1.057906 1.057906 1.005629
2020-10-03 17:00:00 1.261830 1.261830 0.989206
2020-10-02 17:00:00 1.033295 1.033295 0.957976
2020-10-01 17:00:00 0.862069 0.862069 0.923724

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 8.858492 6.481029 7.526274
2020-10-06 17:00:00 10.727865 10.727865 7.358584
2020-10-05 17:00:00 12.453048 12.453048 7.182834
2020-10-04 17:00:00 7.147814 7.147814 7.008000
2020-10-03 17:00:00 7.108669 7.108669 6.808656
2020-10-02 17:00:00 6.371912 6.371912 6.505351
2020-10-01 17:00:00 5.217391 5.217391 6.246001

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 2.649643 3.805400 4.099792
2020-10-06 17:00:00 3.712497 3.712497 3.930261
2020-10-05 17:00:00 8.110733 8.110733 3.844447
2020-10-04 17:00:00 4.008959 4.008959 3.716277
2020-10-03 17:00:00 4.603087 4.603087 3.545434
2020-10-02 17:00:00 2.567738 3.780148 3.419413
2020-10-01 17:00:00 3.139287 3.139287 3.274388

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 3.495146 3.495146 3.983604
2020-10-06 17:00:00 4.442509 4.442509 3.936617
2020-10-05 17:00:00 3.874539 3.874539 3.730843
2020-10-04 17:00:00 4.065041 4.065041 3.626140
2020-10-03 17:00:00 3.747245 3.747245 3.563527
2020-10-02 17:00:00 3.567568 5.365854 3.463266
2020-10-01 17:00:00 3.251569 4.653061 3.343730

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 4.111482 3.023149 2.851713
2020-10-06 17:00:00 3.151140 3.151140 2.852927
2020-10-05 17:00:00 2.725574 2.725574 2.861239
2020-10-04 17:00:00 2.699414 2.699414 2.852381
2020-10-03 17:00:00 2.596757 2.596757 2.857761
2020-10-02 17:00:00 2.754591 2.754591 2.840668
2020-10-01 17:00:00 3.253530 3.253530 2.835814

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 9.882089 9.882089 8.819197
2020-10-06 17:00:00 9.964830 9.964830 8.592691
2020-10-05 17:00:00 13.161132 13.161132 8.531183
2020-10-04 17:00:00 9.664537 9.664537 8.497446
2020-10-03 17:00:00 7.366985 7.366985 8.307473
2020-10-02 17:00:00 7.349081 7.349081 8.099907
2020-10-01 17:00:00 6.479860 6.479860 7.919215

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 3.478726 2.134065 2.575209
2020-10-06 17:00:00 3.289474 3.289474 2.537983
2020-10-05 17:00:00 5.150831 2.244077 2.440457
2020-10-04 17:00:00 3.282459 3.282459 2.386752
2020-10-03 17:00:00 3.249008 3.249008 2.331348
2020-10-02 17:00:00 2.502037 2.502037 2.278521
2020-10-01 17:00:00 2.019447 2.019447 2.204412

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 5.511811 5.511811 3.630168
2020-10-06 17:00:00 3.867403 3.867403 3.521431
2020-10-05 17:00:00 4.899777 4.899777 3.418202
2020-10-04 17:00:00 5.258467 2.495544 3.310254
2020-10-03 17:00:00 4.466313 2.043906 3.218296
2020-10-02 17:00:00 3.550296 3.550296 3.172661
2020-10-01 17:00:00 2.676864 2.676864 3.077011

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 0.238095 0.238095 0.641035
2020-10-06 17:00:00 1.102941 1.102941 0.622085
2020-10-05 17:00:00 1.005025 0.439078 0.643769
2020-10-04 17:00:00 3.036437 0.809717 0.718195
2020-10-03 17:00:00 0.000000 0.000000 0.766642
2020-10-02 17:00:00 0.858369 0.858369 0.811536
2020-10-01 17:00:00 0.411523 0.411523 0.862754

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 6.857855 2.805486 3.558969
2020-10-06 17:00:00 3.201507 3.201507 3.455779
2020-10-05 17:00:00 5.295950 5.295950 3.515907
2020-10-04 17:00:00 6.530612 6.530612 3.481177
2020-10-03 17:00:00 3.418803 3.418803 3.493268
2020-10-02 17:00:00 2.755906 2.755906 3.377321
2020-10-01 17:00:00 3.152174 3.152174 3.313276

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 8.163265 8.163265 7.416383
2020-10-06 17:00:00 8.179959 8.179959 7.087441
2020-10-05 17:00:00 11.238532 11.238532 7.047872
2020-10-04 17:00:00 5.923345 5.923345 6.865807
2020-10-03 17:00:00 9.538462 9.538462 6.788273
2020-10-02 17:00:00 5.349794 5.349794 6.428533
2020-10-01 17:00:00 7.619048 7.619048 6.253252

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 9.042218 9.042218 7.088688
2020-10-06 17:00:00 4.706524 8.160050 6.782845
2020-10-05 17:00:00 14.827586 14.827586 6.580839
2020-10-04 17:00:00 4.364279 4.364279 6.315474
2020-10-03 17:00:00 7.730673 7.730673 5.987331
2020-10-02 17:00:00 7.889049 7.889049 5.719079
2020-10-01 17:00:00 8.661417 3.538115 5.390235

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 6.138428 3.398058 3.855304
2020-10-06 17:00:00 3.232693 3.232693 3.776777
2020-10-05 17:00:00 4.822777 4.822777 3.744983
2020-10-04 17:00:00 9.079976 5.953097 3.683019
2020-10-03 17:00:00 4.198185 4.198185 3.612435
2020-10-02 17:00:00 2.924452 2.924452 3.568234
2020-10-01 17:00:00 4.102195 4.102195 3.493419

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 6.004756 6.004756 4.822617
2020-10-06 17:00:00 3.284672 3.284672 4.804350
2020-10-05 17:00:00 6.581900 6.581900 4.694898
2020-10-04 17:00:00 7.293035 7.293035 4.545272
2020-10-03 17:00:00 3.627853 3.627853 4.447365
2020-10-02 17:00:00 3.724395 3.724395 4.329409
2020-10-01 17:00:00 5.342237 5.342237 4.203496

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 5.317024 5.317024 4.133875
2020-10-06 17:00:00 4.383440 5.128205 4.094114
2020-10-05 17:00:00 7.609988 3.336809 3.997296
2020-10-04 17:00:00 3.606279 2.230386 3.947133
2020-10-03 17:00:00 4.659498 4.659498 3.847218
2020-10-02 17:00:00 3.678403 3.678403 3.780420
2020-10-01 17:00:00 4.040404 4.040404 3.738971

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 4.575263 2.935794 3.523459
2020-10-06 17:00:00 4.237632 4.237632 3.374007
2020-10-05 17:00:00 5.056026 5.056026 3.316821
2020-10-04 17:00:00 3.278689 3.278689 3.201626
2020-10-03 17:00:00 3.409484 3.409484 3.108003
2020-10-02 17:00:00 3.817186 3.817186 3.029130
2020-10-01 17:00:00 2.766571 2.766571 2.961949

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 1.035362 5.689278 4.607001
2020-10-06 17:00:00 3.974359 5.299145 4.401695
2020-10-05 17:00:00 8.296943 1.663020 4.188860
2020-10-04 17:00:00 6.153846 6.153846 3.959485
2020-10-03 17:00:00 3.562341 3.562341 3.814821
2020-10-02 17:00:00 5.950096 5.950096 3.630144
2020-10-01 17:00:00 4.125561 4.125561 3.461106

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 9.554140 9.554140 6.730650
2020-10-06 17:00:00 5.747126 5.747126 6.623402
2020-10-05 17:00:00 13.131313 13.131313 6.297903
2020-10-04 17:00:00 6.250000 6.250000 5.757596
2020-10-03 17:00:00 0.000000 0.000000 5.693799
2020-10-02 17:00:00 9.734513 9.734513 5.406678
2020-10-01 17:00:00 0.714286 0.714286 5.045880

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-07 17:00:00 5.360206 5.360206 4.642311
2020-10-06 17:00:00 4.959328 4.959328 4.497850
2020-10-05 17:00:00 9.319287 9.319287 4.501488
2020-10-04 17:00:00 4.819055 4.819055 4.430160
2020-10-03 17:00:00 3.380282 3.380282 4.347751
2020-10-02 17:00:00 2.167991 3.910729 4.281343
2020-10-01 17:00:00 7.098421 3.286011 4.195959

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 3.940568 3.940568 3.630275
Basilicata 1.973684 1.973684 1.769425
Calabria 0.799600 0.799600 1.067043
Campania 8.858492 6.481029 7.526274
Emilia-Romagna 2.649643 3.805400 4.099792
Friuli Venezia Giulia 3.495146 3.495146 3.983604
Lazio 4.111482 3.023149 2.851713
Liguria 9.882089 9.882089 8.819197
Lombardia 3.478726 2.134065 2.575209
Marche 5.511811 5.511811 3.630168
Molise 0.238095 0.238095 0.641035
P.A. Bolzano 6.857855 2.805486 3.558969
P.A. Trento 8.163265 8.163265 7.416383
Piemonte 9.042218 9.042218 7.088688
Puglia 6.138428 3.398058 3.855304
Sardegna 6.004756 6.004756 4.822617
Sicilia 5.317024 5.317024 4.133875
Toscana 4.575263 2.935794 3.523459
Umbria 1.035362 5.689278 4.607001
Valle d'Aosta 9.554140 9.554140 6.730650
Veneto 5.360206 5.360206 4.642311
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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